Một nhược điểm của thẻ thông minh là khả năng hư hỏng. Thẻ nhựa mà chip đặt trên nó là khá dẻo, dễ uốn, và do đó chip càng lớn thì càng dễ bị gãy. Thẻ thông minh thường được bỏ trong ví, đây là một môi trường khá khắc nghiệt đối với chip điện tử. Tuy nhiên, đối với một số hệ thống ngân hàng lớn, chi phí quản lý bảo hành thẻ có thể chấp nhận được so với chi phí giảm giả mạo và lừa đảo.Dùng thẻ thông minh cho giao thông công cộng cũng có một chút rủi ro về quyền tự do cá nhân, bởi vì với hệ thống như vậy thì người quản lý giao thông có thể dò theo hành trình của cá nhân. Ở Phần Lan, bộ phận Bảo vệ Dữ Liệu Ombudsman cấm người quản lý giao thông của YTV thu thập các thông tin như vậy, mặc dầu trong hợp đồng với YTV người chủ thẻ có quyền yêu cầu YTV cung cấp cho họ lịch trình đi mà YTV đã tính tiền cho họ. Những thông tin về lịch trình từng được dùng trong việc truy tìm thủ phạm trong vụ đánh bom Myyrmanni.

Thẻ thông minh dùng để xác nhận khách hàng là một trong những cách an ninh nhất, có thể dùng trong những ứng dụng như giao dịch ngân hàng qua internet, nhưng mức độ an ninh không thể đảm bảo 100%. Trong trường hợp giao dịch ngân hàng qua internet, nếu PC bị nhiễm bởi các phần mềm xấu, mô hình an ninh sẽ bị phá vỡ. Phần mềm xấu có thể viết đè lên thông tin (cả thông tin đầu vào từ bàn phím và thông tin đầu ra màn hình) giữa khách hàng và ngân hàng. Nó có thể sẽ sửa đổi giao dịch mà khách hàng không biết. Có những phần mềm xấu như vậy, chẳng hạn như Trojan. Silentbanker). Các ngân hàng như Fortis Dexia ở Bỉ dùng một thẻ thông minh chung với một máy đọc thẻ không nối mạng nhằm giải quyết vấn đề trên. Khách hàng nhập một thông tin đánh giá từ trang web của ngân hàng, PIN của họ, và tổng số tiền giao dịch vào một máy đọc thẻ, máy đọc thẻ sẽ trả lại một chữ ký 8 chữ số. Chữ ký này sẽ được khách hàng nhập bằng tay vào PC và được kiểm chứng bởi ngân hàng.

Bên cạnh việc chạy đua kỹ thuật cũng là sự thiếu hẳn một chuẩn thống nhất về chức năng và an ninh của thẻ thông minh. Để giải quyết vấn đề này, dự án ERIDANE đã được khởi động bởi The Berlin Group để phát triển một "khung chức năng và an ninh cho những thiết bị bán lẻ đầu cuối dùng thẻ thông minh".[4]